Univerza na Primorskem od svoje ustanovitve namenja poseben poudarek razvoju raziskovalne in razvojne dejavnosti kot svoje druge najpomembnejše dejavnosti in se s tem uveljavlja kot raziskovalno usmerjeno univerzitetno središče. Na ta način se udejanja povezovanje raziskovanja in poučevanja ter prenos najnovejših znanstvenih izsledkov v pedagoško sfero in okolje univerze. Znanstveno-raziskovalna dejavnost tako ne poteka samo v okviru obeh raziskovalnih članic UP ZRS, kot osrednjim inštitutom, in UP PINT, temveč tudi v okviru visokošolskih članic – UP FM, UP PEF, UP FTŠ Turistice, UP VŠZI, UP FAMNIT in UP FHŠ.

UP ZRS in UP FHŠ delujeta povezano, tako da poteka uspešna vertikalna mobilnost med raziskovalci in visokošolskimi učitelji ter s tem integracija znanstveno-raziskovalnega in pedagoškega dela. Enako velja za članici UP PINT in UP FAMNIT. Vse članice uspešno razvijajo znanstveno-raziskovalno delo v okviru svojih raziskovalnih skupin. Pomembno je poudariti tudi, da se članice na skupnih interesnih področjih združujejo in skupaj uresničujejo razvojne cilje.  

UP in njene članice igrajo aktivno vlogo ne samo na področju nacionalnih raziskovalnih projektov, ampak tudi na področju mednarodnega raziskovalnega dela, kjer uspešno pridobivajo nepovratna sredstva iz evropskih programov, kot so 7. okvirni program, programi čezmejnega sodelovanja, program LIFE in drugi. Za obdobje 2009-13 pa UP načrtuje ne le prijavljanje projektov, financiranih v okviru raziskovalni programov, ampak tudi črpanje evropskih sredstev iz strukturnih skladov za uresničevanje investicijskega razvojnega načrta UP.

S prepletanjem raziskovalnega dela z izobraževalnim, z bogatenjem temeljnega znanja z novimi raziskovalnimi dosežki, s tutorstvom in mentorstvom ter kooperativnim učenjem ob raziskovanju, je univerza v svoje delovanje vgradila zasnovo evropskih strategij s področja znanosti in visokega šolstva. V skladu s politiko skupnega Evropskega raziskovalnega prostora (ERA) in Evropskega visokošolskega prostora (EHEA) se Univerza na Primorskem aktivno vključuje v nacionalno univerzitetno mrežo in pripravlja programe sodelovanja z univerzami sosednjih držav.