Rektorat tvorijo:

• tajništvo univerze,
• kabinet rektorja in
• univerzitetni centri.

Rektorat usmerja in nadzoruje rektor.

Univerza ima upravo, ki je zadolžena za opravljanje upravno-administrativnih in strokovno-tehničnih nalog pri izvajanju nacionalnega programa visokega šolstva ter nacionalnega raziskovalno-razvojnega programa, pri izvajanju javne službe in za izvajanje skupnih nalog univerze in članic. Upravo univerze usklajuje glavni tajnik univerze, ki je hkrati vodja tajništva univerze. Naloge uprave izvajajo tajništvo univerze in tajništva članic.

Tajništvo univerze

Tajništvo univerze opravlja upravno-administrativne in strokovno-tehnične naloge za univerzo kot celoto in tiste naloge za članice, ki so skupne in jih ne opravljajo tajništva članic, zlasti na področjih, kot so tista, določena v 23. členu tega statuta. Tajništvo univerze ima notranje organizacijske enote: sektorje, službe in druge notranje organizacijske enote, kot jih določa akt o organizaciji univerze in članic. 

Kabinet rektorja

Kabinet rektorja izvaja strokovno administrativne naloge ter skrbi za odnose z javnostmi ter protokol na ravni univerze. Kabinet rektorja vodi Vodja kabineta rektorja.   

Univerzitetni centri

Da bi povečala učinkovitost in racionalnost svojega delovanja, univerza zagotavlja  organizacijsko podporo dejavnostim, ki so skupnega pomena za vse članice. Za doseganje omenjenih ciljev ima univerza univerzitetne centre, ki se lahko organizirajo v eni od naslednjih oblik:

• univerzitetni razvojno-raziskovalni center,
• univerzitetni center za izvajanje interdisciplinarnih študijskih programov II. in III. stopnje in
• univerzitetna katedra.

Univerzitetni centri se lahko organizirajo z dejavnostjo zagotavljanja razvoja znanosti, strokovnosti ali umetnosti, ustanovijo pa se na podlagi sklepa senata univerze. Njihova organiziranost se določi s pravilnikom senata univerze.